Белок 4TLL и лиганд QEM
Для выполнения практикума мне достался белок 4TLL, который взаимодействует с лигандом QEM. Это GluN1/GluN2B NMDA рецептор из организма Xenopus laevis(гладкая шпорцевая лягушка).
Рецептор NMDA играет центральную роль в развитии и функционировании нервной системы, а также в нейротоксичности. Блокада рецептора NMDA препятствует формированию памяти и воспроизведению. Более того, мутации в кодирующих областях генов субъединиц рецептора NMDA связаны со спектром неврологических заболеваний и психоневрологических расстройств, от шизофрении до эпилепсии. Рецепторы NMDA представляют собой обязательные гетеротетрамерные сборки, обычно состоящие из двух глицин-связывающих субъединиц GluN1 и двух глутамат-связывающих субъединиц GluN2A-D, причем комплекс GluN1 / GluN2A / GluN2B является преобладающим рецептором в синапсах гиппокампа. GluN2B является специфическим аллостерическим ингибитором. PMC article
Я постаралась найти контакты с данным лигандом. Предполагаю наличие стекингов, так как в целом лиганд имеет три ароматических кольца. 2 Т-стекинга: между кольцом лиганда и Phe-171 и между Tyr-109 и кольцом лиганда посередине.
Между крайним ароматическим кольцом лиганда и Phe-109 также Т-катионный стекинг.
Также я отметила одну возможную водородную связь.
